L'œuvre d'Émile Nelligan comprend quelque 170 poèmes, sonnets, rondelles, chansons et poèmes en prose, tous écrits à l'âge de 19 ans. Avant son incarcération, il n'avait publié que 23 poèmes. En 1904, cependant, grâce à la diligence de son ami Louis Dantin, et avec l'aide de sa mère, 107 poèmes sont publiés dans Émile Nelligan et son œuvre avec une préface de Dantin. Trois autres éditions ont été publiées en 1925, 1932 et 1945. En 1952, Luc Lacourcière a compilé une édition complète des poèmes de Nelligan, intitulée Poésies complètes : 1869-1899, contenant les 107 poèmes rassemblés par Dantin, ainsi que des poèmes supplémentaires que Nelligan avait écrites avant son hospitalisation, qu'il avait été envoyées à des amis ou qui ont été retrouvées parmi ses papiers. Cette édition a été réimprimée plusieurs fois, la dernière en 1989.

Émile Nelligan est un pionnier de la littérature canadienne-française. Dans sa poésie, il a dépassé les sujets usés par le temps du patriotisme et de la fidélité à la terre qui avaient occupé tant de ses prédécesseurs littéraires, tout en se concentrant plutôt sur les possibilités symboliques du langage et de son propre paysage intérieur. Bien que son écriture ait été influencée par des poètes symbolistes tels que Charles-Pierre Baudelaire et Arthur Rimbaud, et des écrivains de langue anglaise tels que Lord Byron et Edgar Allan Poe, Nelligan a créé une sensibilité poétique qui lui était propre. Ce faisant, il a touché une corde de reconnaissance avec le Canada français qui demeure à ce jour. Ses poèmes ont été traduits en anglais, et il fait l'objet de nombreux colloques, films, romans, poèmes, un ballet, et un opéra.